「ママ、20歳になったら胸を取る手術していい？」第二次性徴を迎えたアスペルガーの娘の言葉に母は、

とは、「生物学的性」（身体の性）と「性の自己認識：性自認」（心の性）とが一致しない状態であり、心の性は男性、身体の性は女性の female to male（FTM）と、心の性は女性、身体の性は男性の male to female（MTF）とがあります（1-6）。性指向が男性に向いているか、女性に向いているかは問いません。この点では、身体の性と心の性とは一致していて、性指向が身体の性と同じ性に向かう同性愛とは異なります。性同一性障害では自分の身体の性を強く嫌い、反対の性に強く惹かれた心理状態が続きます。
(現代性教育研究ジャーナル2013年No.29 )

http://www.jase.faje.or.jp/jigyo/journal/seikyoiku_journal_201308.pdf
思春期の MTF 当事者にとっては、ひげが生え、声が低くなることは恐怖です。また、FTM 当事者では、月経時には「自殺したい」「内臓を掻き出したい」などと話す方もいます。自殺念慮の発生も中学生の時期に１つ目のピークがあります。
(現代性教育研究ジャーナル2013年No.29)

http://www.jase.faje.or.jp/jigyo/journal/seikyoiku_journal_201308.pdf
「自分は何者なのだろうか」「これからどうなってしまうのか」という不安でいっぱいな子どもに対し、「あなたは何もおかしくない」というメッセージを、周りの大人から伝えてあげることが大切だというのです。

また、一時的に自分の性に違和感を持っても、それは性同一性障害とは限りません。成長とともに自身の性への違和感が解消されることもあるそうです。

中には発達障害の場合、性同一性障害と誤診されるようなケースもあると聞いたこともあります。

どのケースであれ、そのときに子どもが自分の性について違和感を持っているサインを出してきたら、決して頭から否定することなく「あなたはそう思っているんだね」と受け止めてあげたうえで、落ち着いて対処法を考えた方がいいのではないでしょうか。