ミュージカル『魍魎の匣』東京で、京極夏彦の人気長編推理小説“百鬼夜行シリーズ”主演に小西遼生

ある日加菜子は、自分たちは互いが互いの生まれ変わりだ、と頼子に声をかける。やがて2人は親交を深め、最終電車で湖を見に行こうと約束するが、中央線の途中で加菜子がホームから転落し電車に轢かれてしまう。
たまたま乗り合わせていた刑事の木場修太郎は現場に駆けつけ、頼子と共に病院へと向かった。そこで加菜子の姉の柚木陽子と出会う。重体の加菜子を救える可能性のある病院を知るという陽子の話から、窓のない建物で、周辺住民からは「匣(はこ)」と呼ばれている相模原の研究棟に加菜子を転院させ、そこで治療を受けさせることになった。
一方、小説家の関口巽は、知り合いの雑誌記者、鳥口と、出版社社員の中禅寺敦子と共に、武蔵野の連続バラバラ殺人事件を追っていた。その最中、道に迷って「匣」のような建物にたどり着いてしまう。そこは「美馬坂近代医学研究所」で、加菜子が入院している研究棟だった。その後、厳戒態勢の中で加奈子が失踪し、姉の陽子宛に脅迫文が届く。

鳥口は新興宗教「穢封じ御筥様」の調査をしている中、関口を通して「京極堂」と呼ばれる拝み屋、中禅寺秋彦に相談を持ち掛ける。そこに私立探偵の榎木津礼二郎が加わり、行動を共にすることになった。