iPhoneを振っても曲がシャッフルされなくなりました!? - いまさら聞けないiPhoneのなぜ

この仕様変更は、ひとつの決断と考えられます。シェイク機能を有効にしていると、走ったときや階段を駆け下りたときなど大きめな動きで反応してしまうこともあり、判定がシビアで使いづらいとの意見もありました。『ミュージック』にシャッフル機能を残すがシェイクと連動させることは止めよう、という決断をAppleが下したのでしょう。

なお、シェイク機能は現在も変わらずiOS 9に残されています。場所は『設定』→「一般」→「アクセシビリティ」画面にある「シェイクで取り消し」に変更されましたが、このスイッチでシェイク機能をオン/オフできます。削除したメールを元に戻したい、メモに入力/削除した文字を1つ前の段階に戻したい、という場合は従来どおりiPhoneをシェイクすれば操作を取り消せます。