この作用により、ニキビの主な原因となるアクネ菌や、表皮ブドウ球菌、黄色ブドウ球菌の細胞膜を酸化させ、殺菌します。これによりニキビの炎症を鎮め、腫れを鎮静化させる効果が期待できます。
従来のニキビ治療では、殺菌のために抗生物質を主成分とした薬が使われていました。しかし、抗生物質には、長く使用し続けると、その抗生物質に耐性を持つ「耐性菌」（抗生物質が効かない菌）が生まれることがあるといデメリットがあります。過酸化ベンゾイルは、その作用機序から、長く使っても耐性菌が生まれないようできています。このため、抗生物質より長期的に、また、くりかえし使用することができるというメリットがあるのです。
角質剥離作用
過酸化ベンゾイルは、肌の一番表面にある角質をはがれやすくする作用があります。ニキビは、毛穴の周囲にある角質が厚くなり、それが毛穴をふさいでつまることで起こります。
過酸化ベンゾイルの働きで厚くなった角質が取り除かれると、毛穴がつまりにくくなり、中にたまった菌や皮脂などが外に排出されやすくなります。また、古い角質が取り除かれることで過酸化ベンゾイルが毛穴の奥まで入り込みやすくなるため、殺菌作用がより効果的に働くともいわれています。
