その生命体を倒すための唯一の対抗手段である人造人間「エヴァンゲリオン」（例のロボットみたいなヤツ）を所有するNELV（ネルフ）なる組織に、主人公の14歳の少年「碇(イカリ)シンジ」が急遽呼び出される。
そう、エヴァンゲリオンのパイロットに選ばれたからだ。父は組織の総司令官。生まれてからろくに口も聞いたこともない父親への反抗と自分を認めてもらいたい気持ち、使命感と自己否定、思春期独特の女の子への目覚めなど、まあ上げれば切りがない程の精神的葛藤がてんこもり。
組織や学校での人々の出会い、次々襲ってくる「使徒」との戦いを経て主人公が大人になっていくというお話だ。
