アプリは削除後もパソコンに残る、ってどういうこと? - いまさら聞けないiPhoneのなぜ

を確認できます。コピープロテクトはかけられていないため、自由にコピー/移動してかまいません。

App Storeで公開されているアプリは、なんらかの事情で突然姿を消すことがありますが、IPAファイルさえ残っていればいつでも復元できます。App Storeからダウンロードするアプリはつねに最新版であり、旧版を入手することはできませんが、アプリが更新される前のIPAファイルを残しておけば、バックアップを復元する処理を行うことで旧版を復活させることが可能になります。

もし、新機能など必要ないから現在の状態で使い続けたいというアプリがある場合には、バックアップしたときに作成されたIPAファイルを大切に保管しておきましょう。ただし、ダウンロードするアプリが増えるとIPAファイルも増えるため、そのぶんパソコンのディスクスペースが圧迫されます。長期保存する必要がないアプリのIPAファイルは、思い切って削除することをお勧めします。