うんち記録アプリ「ウンログ」にて、「ルルミルク お試し購入者 アンケート調査」を実施　

などの系統分類がおこなわれました。ただし当時は技術的な限界もあり、その全体像や宿主である人間との関係を解明するには至りませんでした。
2000年代に入り、検査機器や解析技術の発展と普及により、腸内フローラの菌種構成割合やDNA情報の詳細が分かってきました。
例えば、日本人は海藻に含まれる多糖類を日常的に食べていたので、これらを分解する酵素を持っていますが、欧米人はワカメやノリなどの海藻類をほとんど食べないため、分解酵素を持っていません。これは、その酵素を作る遺伝子を日本人のDNAが含んでいるのではなく、日本人が持つ腸内細菌の一種(Bacteroidesplebeius)がその遺伝子を持っていることが分かっています。つまり、人体はヒトの遺伝子だけで成り立っているのではなく、私たちと共生している腸内フローラの働きが不可欠なのです。
また、赤ちゃんが飲む母乳にはヒトミルクオリゴ糖という成分が含まれており、それが赤ちゃんの腸内細菌の定着に寄与していることも研究で解明されてきました。人と腸内細菌の共生関係は長い歴史の中で人が生きていくために必要なメカニズムとして作り上げられてきたものなのです。
このように、腸内フローラの研究は人間の健康・医療技術の発展に繋がるものとして重要性が増し、大変注目されてきています。