プッシュ通知対応アプリは、どうやってiPhoneを特定しているの? - いまさら聞けないiPhoneのなぜ

宛に送信されます。デバイストークンとiPhoneの対応関係を把握しているのはAPNsであり、iPhoneユーザのプライバシーは保たれます。

iOS 7以降、デバイストークンはアプリごとに生成されます。iOS 6までは1台のiPhoneにつき1つのデバイストークンが割り当てられていましたが、デバイストークンをiPhoneの識別、ひいては個人の識別に利用しようとするアプリ開発者が現れたため、Appleは方針を転換したのです。

まとめると、「プッシュ通知対応アプリがiPhoneを特定している」と考えるのは誤りで、正確には「(アプリとiPhoneの対応関係を把握している)APNsに対しアプリ開発元がプッシュ通知送信を依頼している」となります。プッシュ通知を許可すると個人情報が漏れるのでは? と不安になるかもしれませんが、APNsがハッキングを受けて情報が盗まれでもしないかぎりは心配ないといえるでしょう。