理研、DNA定量や多型検出に最適な配列を解析するソフト「Edesign」を開発

理化学研究所(理研)は2月11日、DNAの定量分析や遺伝型決定、ヒト遺伝子多型の検出に最適化したリアルタイムPCR用のプローブとプライマーを設計するソフトウェア「Edesign」を開発し、公開したと発表した。

同成果は理研ライフサイエンス技術基盤研究センター機能性ゲノム解析部門核酸技術診断開発ユニットの木村恭将 客員研究員、相馬崇裕 研究員、臼井健悟 ユニットリーダーおよび同部門のマティアス・ハーバス 客員研究員らの研究チームによるもの。2月10日付の米国科学誌「PLOS ONE」に掲載された。

PCR法は、微量のDNAやRNAを酵素反応で増幅する方法。リアルタイムPCR法では、この増幅産物をリアルタイムに検出し、試料中の遺伝子発現量の定量や遺伝子型の判別が可能だが、増幅に用いるプライマーと増幅産物の検出に用いる蛍光プローブの配列が実験結果に大きな影響をもたらすため、それらの設計には細心の検討が必要となる。同研究グループは2013年に配列特異性が高く、かつ高感度な検出を可能にする蛍光プローブ「Eprobe」を開発したが、「Eprobe」は最適な配列を見つけるための設計上の課題が残っていた。