理研、DNA定量や多型検出に最適な配列を解析するソフト「Edesign」を開発

今回の研究では「Eprobe」における蛍光色素標識塩基の挿入場所や、ミスマッチ塩基対の位置、1本鎖の「Eprobe」が形成する2次構造などの条件について、それぞれの要素がリアルタイムPCR法の実験結果に与える影響を詳しく調査。その結果を踏まえて、最適なプライマー配列とプローブ配列を合わせて設計できるアルゴリズムを開発し、これに「Eprobe」の特性データを組み込むことで、「Edesign」を完成させた。

今後、「Eprobe」と「Edesign」の併用により、従来に比べて、より正確かつ高感度なDNA分析が可能となる。また「Edesign」は、「Eprobe」以外のプローブにも適用可能で、さまざまなタイプのプローブに対して幅広く利用されることが期待される。なお、「Edesign」のWebインターフェースはダナフォーム社にて公開されている。