理研、超並列分子動力学計算ソフト「GENESIS」を無償公開

理化学研究所(理研)は5月8日、生体分子の運動を1分子レベルから細胞レベルまでの幅広い空間スケールで解析可能なシミュレーションソフトウェア「GENESIS」を開発し、オープンソースソフトウェアとして無償で公開すると発表した。

同成果は理研計算科学研究機構粒子系生物物理研究チームの杉田有治チームリーダー、ジェウン・ジョン研究員、杉田理論分子科学研究室の森貴治研究員らの共同研究チームによるもので、5月7日付(現地時間)の「WIREs Computational Molecular Science」のオープンアクセス版に掲載された。

生命科学分野では分子動力学法と呼ばれるシミュレーション技法がタンパク質の立体構造予測、酵素反応のメカニズムの解明、薬の理論設計などに広く応用されている。しかし、多数のCPUを用いて従来の計算アルゴリズムを大規模な分子集団系に対して適用しようとすると、CPU間の通信時間が増大するため限界がある。

実際、タンパク質1分子などの計算は可能だったが、細胞質のように多数のタンパク質や核酸などが混在する生体分子システムを、水やイオンなどの触媒も含めて高速に計算することは困難だった。