しかし、そんな父にニモは反発。ひとりで大海原へと飛び出すが、人間に捕らわれてしまう。誰よりも息子を愛するマーリンは、ニモを探しだすため、大冒険に出かけていく。
ニモがどこに行ってしまったのかわからないまま、大海原に飛び出したマーリンが偶然に出会い、行動を共にするのが、ナンヨウハギのドリーだ。ドリーは、極度の忘れんぼうで、ほんの少し前のことでも忘れてしまうが、彼女はなぜか人間の言葉が読めるため、マーリンを助け、ニモを探す冒険に出る。
『…ニモ』は公開されると爆発的なヒットを記録。当時のピクサー作品の興行収入記録を大きく塗り替える成績をおさめ、第76回アカデミー賞で長編アニメーション賞を受賞した。さらに、2012年には3D版が公開になった。
スタントン監督はもちろん、3D版の製作にも関わっているが、映画が完成してから、3D版を製作するまで、ほとんど『…ニモ』を観返していなかったそうだ。「いろんなことを忘れてしまっていた。ニュアンスなどすっかり忘れていたんだ。その時に、僕の無意識下に入り込んだんだろう。というのは、その後ずっとドリーのことばかり考えてしまうんだ」
やがて、スタントン監督は、2003年には想像すらしていなかった新作に着手する。